无法确定。

因为北京物流公司的办公位置和营业范围并不清楚，而昆明市五华区也没有特指该公司的具体地址，因此无法确定北京物流公司是否在五华区设有办公位置。

需要进一步了解该公司的情况才能得出确切答案。