自建房的过门石高度通常根据以下因素来确定：

1. 标准高度：一般来说，标准的过门石高度为15-20厘米。这个高度可以提供足够的防水和隔绝脏物进入房屋的效果。

2. 地面高度：过门石的高度还应考虑到房屋周围的地面高度。如果地面高于门槛高度，可以考虑将过门石的高度适当增加，以避免水或泥浆流入房屋。

3. 使用人群需求：如果家中有老人或残障人士，可以根据其需求适当增加过门石的高度，以方便他们出入房屋。

4. 其他因素：除了高度外，过门石的宽度和长度也是需要考虑的因素。过门石宽度一般应足够容纳门的宽度，长度应根据门和门廊的设计来确定。

总之，自建房的过门石高度可以根据标准高度、地面高度、使用人群需求和其他因素综合考虑，确保具有良好的防水和隔离脏物功能，同时满足实际使用的需求。