自建房卧室门上留透明窗是可以的，但需要考虑安全和隐私问题。如果卧室门上留窗，可以让光线更好地进入房间，有助于增加光线的亮度，提高舒适度。但如果窗户太大或不当安装会对隐私造成影响，旁人可以看到室内的活动，从而带来安全隐患。

因此，在安装窗户时，需要考虑窗户的大小和位置，以使其既满足光线需要，又保护住隐私和安全。

同时，还需要按照当地的规定、法律和标准，在合理的范围内进行自建房卧室门上留窗的设计和施工。