止水两只眼睛的能力有所区别。

首先，止水的左眼具有更强的远视能力，可以清晰地看到远处的物体。

这是因为左眼的角膜和晶状体的曲率较小，使得光线能够更好地聚焦在视网膜上，从而提高了远视能力。

其次，止水的右眼具有更强的近视能力，可以清晰地看到近处的物体。

这是因为右眼的角膜和晶状体的曲率较大，使得光线能够更好地聚焦在视网膜上，从而提高了近视能力。

此外，止水的两只眼睛在颜色辨别能力上也有所差异。

左眼对红色的敏感度较高，可以更准确地辨别红色物体；而右眼对蓝色的敏感度较高，可以更准确地辨别蓝色物体。

因此，止水的两只眼睛在远视能力、近视能力和颜色辨别能力上存在差异，这是由于左眼和右眼的角膜和晶状体的曲率不同所导致的。