霉豆腐自然发霉的过程中会形成不同的颜色。正常情况下，霉菌颜色为白色或黄色，这被称为毛豆腐，是豆腐在制作过程中没有添加任何东西，自然发酵形成的，蛋白酶和附着在菌皮上的细菌会慢慢渗入到豆腐坯的内部，然后逐渐长出一层毛茸茸的霉菌。此外，如果在制作霉豆腐过程中加入红曲，豆腐就会变成红色，这种霉豆腐被称为红霉豆腐；如果加入了苦浆水、盐水等调料，就会呈豆青色，这被称为青色霉豆腐。

然而，如果放置时间过长或者储存条件不当，霉豆腐可能会发生变质，表面会长出绿色的霉或者黑色的霉，这是一种含有毒素的霉菌，如果食用会对人体健康造成危害。特别要注意的是，如果购买的腐乳超过了标明的保质期，或者产生了发酸、发臭或其他异味的情况，尤其是出现了上述变质颜色，那么就应该停止食用了。