对于特困人员来说，他们可能享有某些特殊的政策或待遇，但这并不意味着他们在办理港澳通行证方面会有特别的限制或取消资格。具体的规定可能因地区、政策等因素而异，因此建议特困人员在考虑办理港澳通行证时，先咨询当地的公安出入境管理部门或相关政府部门，了解具体的政策规定和办理流程。

此外，对于任何人员来说，办理港澳通行证都需要符合一定的条件和提供必要的材料。如果特困人员符合办理条件，并且能够提供所需的材料，那么他们应该能够按照正常流程办理港澳通行证。

总之，特困人员办理港澳通行证是否会被取消，需要根据具体的政策规定和办理流程来确定。建议特困人员在办理前先进行咨询和了解，以便更好地掌握相关信息和准备所需的材料。