高频磁芯P96与P40的主要区别在于它们的尺寸、性能和适用场景。

P96磁芯通常较大，具有更高的磁导率和更低的磁阻，适合用于需要更高磁场强度和更大功率的应用场景，如大型电感器、电源滤波器等。

而P40磁芯相对较小，磁导率和磁阻相对较低，适用于较小体积和较低功率的场合，如小型电感器、通信设备等。

此外，P96和P40磁芯的材料、制造工艺和价格等方面也可能有所不同，具体选择需根据实际应用需求来决定。