当自动爬杆机的链条出现不整齐的情况时，可以采取以下步骤进行修复：

检查链条张紧度：首先，确保链条的张紧度适当。链条过紧可能导致磨损加快，而链条过松则可能导致链条跳动和不整齐。可以使用调整螺栓或张紧器来调整链条的张紧度。

清洁链条和导轨：如果链条和导轨上有油污、灰尘或其他杂质，可能会导致链条运行不顺畅。因此，应定期清洁链条和导轨，确保它们表面干净。

调整链条导向装置：链条导向装置的作用是确保链条在运行过程中保持正确的路径。如果导向装置安装不当或损坏，可能会导致链条偏离正确路径。可以检查和调整导向装置的位置，确保其正确安装并有效工作。

更换磨损严重的链条或链轮：如果链条或链轮磨损严重，可能会导致链条不整齐。在这种情况下，可以考虑更换磨损严重的部件，以恢复链条的整齐和平稳运行。

检查电机和传动系统：如果电机或传动系统存在问题，可能会导致链条运行不稳定。因此，应检查电机和传动系统的工作情况，确保其正常运行。

在进行以上步骤时，务必注意安全，避免发生意外事故。如果不确定如何进行操作，建议寻求专业人员的帮助。此外，定期对自动爬杆机进行维护和保养，也可以有效延长其使用寿命和减少故障的发生。