1、外形不同，外港海马有黑斑，本港海马是没有的。本港海马头部看起来是侧扁的，头每侧有两个鼻孔，头部弯曲与身体接近直角，身体比较粗目侧扁，完全包在骨环中。

2、体型不同，外港海马的体型比较大，而本港海马的体型比较小。

3、分布区域不同外港海马分布在东印度洋和西太平洋的大部分地区，而本港海马分布在中国近海。

4、价格不同因为外港海马作为药材的药效更好，所以一般比本港海马的价格更贵。