婚检有效期三个月的起算时间通常是从婚检完成并出具合格证明的那一天开始算起。这个有效期的设定是为了确保在婚姻登记前，双方的身体健康状况是符合结婚要求的。在婚检有效期三个月内，新人可以凭借婚检合格证明去民政局进行婚姻登记。如果超过了三个月的有效期，可能需要重新进行婚检。