阿图什的车牌号开头是新疆U。根据中国的车牌编码规则，新疆地区的车牌号码开头通常为“新疆U”，这是用来区分不同地区的车辆注册地信息的一种编码方式。而在新疆地区内，不同城市的车辆注册地编码则会有所不同。所以如果在阿图什看到车牌号以“新疆U”开头，那么就可以确定这辆车是在新疆地区注册的车辆。这样的编码规则既方便了交通管理，又让人们能够通过车牌号码快速了解车辆的注册地信息。