临潼区在楼顶开烧烤店不合法。楼顶烧烤不仅可能违反了《大气污染防治法》中关于露天烧烤的相关规定，还可能违反了《城乡规划法实施细则》中关于未取得建设工程规划许可证或未按照规划进行建设的条款。同时，在楼顶进行烧烤还可能引发火灾等安全隐患，对公共安全构成威胁。因此，临潼区在楼顶开烧烤店是不合法的，相关部门有权责令其停止经营并依法进行处罚。