埃梅里的执教生涯非常丰富。他曾于2008年至2009年担任西甲阿尔梅里亚队的主教练，并在此期间率领球队获得西甲联赛第六名。之后，埃梅里转至西甲的巴伦西亚队，执教两个赛季，并带领球队打入欧冠八强。

2013年至2016年，埃梅里执教西班牙的塞维利亚队，并在这三年间率领球队夺得欧联杯三连冠。这是埃梅里执教生涯中的一大亮点。

2016年起，埃梅里成为法甲巴黎圣日耳曼队的主帅，并带领球队在2017-2018赛季夺得法甲联赛冠军、法国杯冠军以及法国联赛杯冠军。此外，埃梅里还荣获了该赛季法甲最佳主教练的荣誉。

2018年，埃梅里转至英超阿森纳队担任主教练。然而，他在英超的执教经历并不顺利，于2019年与阿森纳解约。

2020年，埃梅里重返西甲，执教比利亚雷亚尔队。在该赛季，他带领球队获得了西甲联赛第三名。

此外，埃梅里还曾在比利亚雷亚尔队、阿尔梅里亚队以及巴伦西亚队担任过主教练。