Mate 60 Pro有两个系统的区别在于，一个是基于Android操作系统的EMUI系统，另一个是基于HarmonyOS操作系统的系统。EMUI系统是华为自己开发的一款基于Android的操作系统，它有许多与Android类似的功能和界面。而HarmonyOS是华为自主研发的一款全场景分布式操作系统，可以在不同设备之间实现流畅的连接和协同工作。

HarmonyOS有着更高的性能和更好的系统优化，能够在不同设备上提供统一的用户体验。两个系统的区别在于操作系统的架构和性能，以及软件生态系统的差异。