根据中国移动、中国联通、中国电信等主要运营商的规定，携号转网超过90天后剩余的话费通常不能直接退还给用户，但用户可以选择其他方式处理。

一些运营商提供了以下的处理方式：

1. 转入其他号码：用户可以将剩余话费转移到其他手机号码上使用，但通常需要收取一定的手续费。

2. 消费花费：用户可以通过消费话费的方式使用剩余的话费，如购买流量套餐、通话套餐等。

3. 延长话费有效期：一些运营商也允许用户使用剩余的话费来延长话费的有效期，以保证下次使用。

不同运营商的处理方式可能会有所不同，具体操作前建议您先与所在运营商联系，了解他们的规定和提供的选项。