个人所得税专项扣除申请的审核时间一般为5-10个工作日，具体时长会根据申请数量、审核工作量、节假日等因素而有所变化。审核通过后，扣除金额将在下一个纳税期间生效，并在个人所得税申报时自动计入个人所得税应扣缴金额中。