【1】使用范围不同。灵活就业医保可以挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。而新农合目前多个城市只有住院才可以报销，少数看病就诊也可以报销。相对而言。灵活就业医保使用范围更广一些。

【2】报销比例不同。灵活就业医保报销比例普遍比新农合比例高一些。一般情况下，灵活就业医保报销70%-90%，而新农合报销50%-70%。

【3】报销的标准不同。新农合报销起付线、封顶线都比较低，而灵活就业医保报销的起付线比较高，相对新农合而言缴费标准高一些但是报销额度也大一些