紫竹禅院原名福荫紫竹院,又名紫竹林,始建于明代,本是万寿寺的下院,其中供奉观世音菩萨。

清代乾隆年间在紫竹禅院旁修建了一座小型的行宫(即今公园内西北侧的紫竹院行宫),作为帝后游览西郊时的休息之所,并在行宫周围遍植芦苇,布置成苏州城外的水乡风光。由于这里的芦苇挺拔粗壮,每到秋末冬初时,苇杆经霜打后呈现出紫黑的颜色,从远处观望好似一片茂盛的紫竹林,传说中观音菩萨即居住在普陀山紫竹林(今浙江省普陀岛),所以将此庵命名为紫竹禅院。