1. 首先，x99主板通常采用pcie 3.0插槽，而gtx 4060显卡使用的是pcie 4.0接口。虽然pcie是向下兼容的，但是pcie 3.0插槽无法完全发挥pcie 4.0显卡的性能。

2. 其次，x99主板与gtx 4060显卡的兼容性也受到bios版本的限制。旧版本的bios可能无法正确识别或驱动最新的显卡，导致无法正常工作。

3. 最后，即使x99主板能够物理上插入gtx 4060显卡，也不能保证能够在最佳性能下正常工作。建议在购买前确认主板bios是否支持最新的显卡，并考虑升级至支持pcie 4.0的主板以获取更好的性能和兼容性。