首先是抗生素，抗生素分为很多类，其中有一类可以改变细胞膜的通透性，使菌体内盐类离子、蛋白质、核酸和氨基酸等重要物质外漏，例如多粘菌素和短杆菌素；还有一类可以影响蛋白质的合成，例如福霉素（放线菌素）类、氨基糖苷类、四环素类和氯霉素，蛋白质合成出现问题，生物膜系统（含有蛋白质）则也会出现问题。

其次是过氧化物，例如过氧化氢，自由基，会破坏原有的生物膜结构，此外过多的自由电子，超氧阴离子等也会破坏生物膜。

还有就是细胞产物，例如穿孔素（细胞毒性T细胞会与靶细胞结合释放穿孔素，使细胞裂解）以及大蒜中的烯丙基硫成分和普遍存在于各种细胞的酶（如蛋白酶等）等。

最后就是重金属，各种重金属离子会破坏生物膜系统，主要原理是能使蛋白质失活变性，导致细胞膜破坏。

同时，凡能破坏蛋白质，使其变性失活的，如福尔马林等都可以破坏生物膜（主要是细胞膜）。