根据我的了解，90年代的派遣证通常会被保留在相关的档案中。这些档案可能由雇主、政府机构或劳动部门负责管理和保存。派遣证是雇佣关系的重要证明，包含了派遣工人的个人信息、雇佣期限和工作条件等重要内容。

为了确保劳动权益的保护和记录的完整性，派遣证通常会被保留在档案中，以备将来的参考和审查。