PDF文件可以存储小文件的方法包括以下几种方式：

1. 将多个小文件合并成一个PDF文件：将多个小文件合并成一个PDF文件，可以通过在线工具或者PDF编辑软件实现，将多个小文件逐一导入到PDF编辑软件中，然后保存为一个PDF文件。

2. 将小文件作为附件添加到PDF文件中：在需要存储小文件的PDF文件中添加附件功能，将小文件直接作为附件添加到PDF文件中，可以通过PDF编辑软件中的附件功能实现。

3. 将小文件压缩成ZIP文件并添加到PDF文件中：将多个小文件压缩成一个ZIP文件，然后将ZIP文件添加到PDF文件中，可以通过PDF编辑软件的插入文件功能实现。

4. 使用在线存储服务：将小文件上传到在线存储服务（如Google Drive、Dropbox等），然后在PDF文件中插入链接或者二维码，让用户可以直接访问在线存储服务中的小文件。