《神医嫡女》的大结局中，主角凤羽珩和九皇子玄天冥终成眷属，他们一起去了姑墨，成为了那里的皇帝和皇后。在这个结局中，一些制度被设定为仿照现代，并且他们还有一对可爱的双胞胎。此外，大顺的皇位传给了玄天风，而想容则嫁给了玄天奕。另外，故事中还提到了七皇子玄天华，他去了无岸海中的仁仙岛，并遇到了风卿卿。作者还暗示了后续可能会有新的故事发展。