南沙最大的水库是高新沙水库。它位于广州南沙高新沙岛北三角区域，是工程全线唯一新建的平原型调蓄水库，总库容482万立方米，是目前广州南沙最大水库。在全线长距离、大流量输水过程中，它发挥着“调节器”与“中转站”的作用，同时可为广州南沙提供直接供水与应急供水保证。