边检检查证件登记有效期不足的原因，可能是由于以下情况导致的：

1. 证件有效期已过期：证件的有效期限已经过期，不再具有合法性，因此被边检认为无效。

2. 证件有效期快到期：证件的有效期即将到期，在边检的审查过程中可能会被认为有效期不足。

3. 边检有更严格的规定：根据当地边检机构的规定，可能有更严格的证件要求，例如要求证件有效期至少还有六个月，否则将被认为无效。

4. 部分国家或地区规定更为严格：在一些国家或地区，出入境政策相对保守，在证件检查时会更加谨慎，在证件有效期不足的情况下可能无法通过边检。