是的，国内有些航班在凌晨三点左右仍然有航班。具体航班信息需要查询相关航空公司和官方网站，因为不同航空公司和航线可能会有不同的航班安排。同时，由于航班时刻表可能会受到天气、航线调整等因素影响，建议您在购票前仔细查询航班信息以确保准确性。