上海咖啡馆是合法的，它们需要获得相关的营业执照和健康证明等经营许可证，并遵守当地的相关法律法规。另外，咖啡馆经营过程中也需要遵循食品安全和卫生标准，确保食品安全和顾客健康。此外，咖啡馆还需要严格遵守劳动法，保障员工的合法权益。总的来说，上海的咖啡馆是合法经营的，但需要遵守相关法律法规，保障食品安全和员工权益。