为确保马拉松活动顺利进行，摆渡车的调度应采取以下措施：

首先，根据路线和参赛人数确定摆渡车的数量和发车时间。摆渡车应均匀分布在赛道上，避免出现拥堵或空载现象，同时要根据情况临时调整车辆数量和发车时间。

其次，摆渡车的驾驶员必须熟悉活动路线，以便在紧急情况下能够及时作出反应。最后，摆渡车的安全设施和维护工作应得到充分保障，确保车辆运行的安全和稳定。