《新龙门客栈》是一部根据经典武侠电影改编的越剧，背景设定在明朝中叶，这个时期宦官专权，东厂总督曹少钦为了杀害兵部尚书杨宇轩并为了诱捕其手下周淮安，安排流放杨宇轩的两个子女。

在这样的背景下，侠女邱莫言受周淮安之托救出杨家遗孤，女扮男装一路逃至边关沙漠，来到龙门客栈。在这家客栈内，各色人等汇聚，发生了一系列惊心动魄的故事。