克拉运河是全球最大的人工运河之一，其开凿历史上也遇到了很多困难和挑战。以下是其中一些：

1. 地理环境：克拉运河贯穿安第斯山脉，河道起伏大、急流险滩、堆积冰川、泥石流等自然灾害频繁，给运河的开凿增加了很多难度。

2. 工程技术：当时的工程技术还不够发达，没有发电机、铁路、汽车、电器等现代工具，运河开凿采用人力、马匹和爆破等传统手段，劳动强度大、工程进度缓慢、安全风险高。

3. 财政经济：由于建设资金大量投入和工程进度缓慢，运河建设期间经常面临资金短缺的问题，后来因为政治变故和世界经济危机等原因，资金短缺加剧，使得建设进度拖延。

4. 健康环境：由于当时工程技术落后、医疗卫生条件差，很多工人在运河建设过程中患上了疾病，像疟疾、黄热病、霍乱等传染病，导致很多工人死亡或患病。这也成为了运河建设的一大难题。