在中国A股市场中，机构投资者参与新股发行的方式有两种：

一是通过网上发行，二是通过机构席位中签缴费方式。对于通过机构席位中签缴费方式参与新股发行的机构投资者，需要在中签后按照规定缴纳一定的认购款项作为认购保证金，一般是认购总金额的50%。这个保证金是在机构投资者中签后支付的，用于保证其认购行为的真实性和履约能力。如果机构投资者最终未能履行认购义务，保证金将被没收。如果机构投资者按照规定履行了认购义务，保证金将在发行结束后退还。