南京南站两张票分开买可以站内换乘。南京南站是一个交通枢纽，有高铁、动车、城际、地铁等多个交通方式对接，因此需要进行站内换乘。

无论您是通过一张车票还是多张分开购买的车票到达南京南站，只要在进站时有确认的车次及车厢号，就可以在站内换乘；如需要进出站，需重新刷入新的车票。建议提前查询车次、车票信息，避免不必要的麻烦。