农村合作医疗住院报销的比例如下：

本乡住院，直接在乡卫生院出院时核报，150元为起付线，线内自付，超过起付后按75%核报；

县级医院就诊，应办好转院手续，在出院时直接在医院核报，350元为起付线，起付线内自付；

在县以上或县外医院经县农医局批准的住院治疗，700元为起付线，起付线上按40%核报。