施工单位正在施工的工程是可以被查封的。根据《中华人民共和国建筑法》规定，施工单位在施工过程中应当遵守相关法律法规和施工规范，如未能按照规定落实安全措施，存在安全隐患或者造成环境污染等情况，相关主管部门可以对施工工程进行查封，并责令违法行为的施工单位进行整改。

此外，施工单位在进行施工前应当办理相关手续，如未能取得合法的建设工程规划、建设用地、项目管理等相关许可证，也可以被主管部门查封。