不合法。

因为根据中国个人所得税法，个人工资所得应当按照法定税率缴纳个人所得税，且扣除税前所得应当有免征额，应当根据个人实际情况进行计算扣除，不能一概而论。

用人单位将个税扣压1000元工资是违反法律规定的行为。

个人所得税是国家的基本税种之一，目的是保证税收公平，鼓励个人增加收入，同时可以向国家提供财政收入。

应当根据个人实际情况合理计算个人所得税，而不是单纯扣除固定的数额，这也是保障个人权益的重要措施。