运输公司使用机械租赁时，需要将租赁费用作为支出记录到账簿中。此外，还需要保留租赁合同和支付凭据，以便在需要时进行核对。

如果公司将机械租赁用于特定项目，还需要将租赁费用分摊到该项目相关的成本中。

最后，运输公司需要根据税法规定，合理计提折旧费用，并在年度财务报表中进行披露。