如果您在住院时发现医保还有3天才能生效，您应该采取以下措施：

立即与医院财务部门联系：向医院财务部门说明您的情况，询问是否可以在医保生效前先自费垫付医疗费用。医院财务部门会根据您的具体情况给出相应的建议和帮助。

咨询医保公司：联系您的医保公司，向他们说明您的情况，询问是否可以在医保生效前先进行医疗费用报销。医保公司会根据您的情况给出相应的指导和帮助。

寻求法律援助：如果您认为医院或医保公司的做法不合理，您可以寻求法律援助。可以咨询律师或者向当地卫生行政部门投诉。

保留所有相关证据：在处理此事的过程中，保留所有与医疗费用有关的证据，例如住院记录、医疗费用清单、发票等。这些证据将有助于您申请医疗费用报销或者处理纠纷。

关注医保政策：在等待医保生效的过程中，关注医保政策的变化，以便及时了解相关规定和操作流程。这有助于您更好地了解自己的权益和如何维护自己的利益。

总之，如果您在住院时发现医保还有3天才能生效，不要慌张。采取适当的措施，与医院财务部门和医保公司保持沟通，保留相关证据并关注医保政策的变化。这将有助于您顺利处理此事并维护自己的利益。