银行自助机不能存50万，因为ATM机的存款箱的容量限制，一般存款箱的容量在50-100万元之间，当存款箱容量达到上限时，需要工作人员进行清空。

另外，个人在ATM机上存款的限额是每日每笔交易不能超过5000元或者等值货币，银行也会对ATM机的存款箱设置一定的容量限制。