故事发生在19世纪上半叶美国密西西比河畔的一个普通小镇上，讲述了主人公汤姆·索亚的冒险经历。汤姆是一个聪明活泼、敢于探险、追求自由的孩子，他无法忍受束缚个性、枯燥乏味的生活，幻想干一番英雄事业。小说通过汤姆的冒险，对美国虚伪庸俗的社会习俗、伪善的宗教仪式和刻板陈腐的学校教育进行了讽刺和批判。

汤姆幼年丧母，由姨妈收养。他聪明顽皮，经常逃学闯祸。一天深夜，他与好朋友哈克贝利·费恩到墓地玩耍，无意中目睹了一起凶杀案的发生。因为害怕凶手发现他们知道这件事，汤姆、哈克贝利带着另一个小伙伴一起逃到一座荒岛上做起了“海盗”，弄得家里人以为他们被淹死了，结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。经过激烈的思想斗争，汤姆终于勇敢地站出来，指证了凶手。

不久之后，在一次野餐活动中，汤姆与他心爱的姑娘贝琪在一个岩洞里迷了路，整整三天三夜饥寒交迫，面临着死亡的威胁。后来他们终于成功脱险，并且和好友哈克一起找到了凶手埋藏的宝藏