马祖海域包括东海和台湾海峡的一部分，位于福建省和台湾省之间，是中国东海防线上的重要地带。根据相关的划分标准，马祖海域可以分为马祖海峡区、南船北鼓海域、沿海海域以及中间海域四个部分。其中，马祖海峡区包括了连江县的小岛、马祖、钓鱼岛等一系列岛屿，是马祖海域的主要地区。

南船北鼓海域指同溪渔港至厦门船舶北向通航区域，沿海海域则主要涉及沿海各市县的海域，中间海域则是两岸之间的公海区域。