深圳护照和港奥通行证可以同时办理。深圳护照可以作为出入境中国内地的证件，港奥通行证可以让持证人在前往香港和澳门时不需要申请签证，具有不同的使用场景和优势。

持有者可以依据自己的需要，选择办理其中一个或两个证件，但必须符合对应证件的申请要求。