根据《国家基本医疗保险药品目录》的规定，新农合报销范围内的耳科诊疗项目包括耳道异物取出、鼻咽镜检查、耳镜检查、听力筛查、听力评估、听力康复等。

如果小耳畸形需要进行耳科手术治疗，一般情况下也可以申请新农合报销，但具体是否可以报销，还需要根据当地的医保政策进行具体确认。建议您咨询当地的新农合机构或相关医院的医保科室，以获取更准确的信息。