黄花鱼通常栖息在水深约60米以内的中下层沿岸及近海砂泥底质水域，具有厌强光、喜混浊水流的习性。

黄花鱼会在黎明、黄昏光线较暗或大潮水体较为浑浊时上浮，而到了白天或小潮的时候则会下浮到更深一点的水域活动。黄花鱼有时也会进入河口区，我国的长江、瓯江、飞云江、鳌江、闽江、榕江、珠江、西江等河口水域也会出现黄花鱼活动的身影，尤其是到了繁殖季节它们会集群由外海游向近岸而形成"渔汛"，所以也算是一种"洄游"鱼类。