纯种马犬的耳朵大小适中，呈三角形，耳尖略圆，耳根位置高，耳廓紧贴头部，当马犬处于兴奋或警觉的状态时，耳朵会竖立起来，在休息或放松时，耳朵会自然下垂。

纯种马犬的耳朵颜色通常为黑色或深棕色，与身体其他部位的毛色相匹配， 耳朵的形状和颜色是马犬品种的重要特征之一。