港澳通行证的有效期分为证件有效期和签注有效期。

1. 证件有效期：往来港澳通行证有效期一般为5年，但要注意的是，该有效期并不是指在5年内可以随时出入境，而是指该通行证在此有效期内可以使用，超过有效期后需要重新申请办理。

2. 签注有效期：签注是贴在港澳通行证上的，每次申请签注后，可以在规定的有效期内前往香港和澳门，并可以在当地停留一定的时间。签注的有效期一般为1年或2年，具体时间根据不同的签注类型而有所不同。例如，旅游签注一般有效期为1年，而商务签注则一般有效期为2年。