金蝶k3系统允许负库存，但这会带来一些负面影响。首先，负库存可能导致系统处理错误，进而导致库存和账务数据的混乱，并最终影响企业运营决策。

其次，负库存也会影响成本核算和利润计算准确性，影响企业管理者正确判断企业盈利情况和经济效益。同时，负库存也会增加企业采购和库存管理难度，增加企业库存风险。因此，企业应该谨慎对待负库存问题，并及时处理负库存问题。